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Como já foi dito as moscas apresentam um importante papel no aspecto médico sanitário. Algumas espécies são responsáveis pela transmissão de inúmeras doenças devido a sua atuação como vetor mecânico ou biológico de patógenos.

Acredita-se que o transporte de microorganismos patogênicos pelas moscas possa ser feito mecanicamente através da aderência ao seu exoesqueleto, nos pelos que recobrem o corpo, pernas e patas, e no aparelho digestivo onde a transferência dos patógenos para superfícies, alimentos e pessoas pode ocorrer através da defecação ou pelo aparelho bucal através da saliva expelida no momento da alimentação das moscas.

Entre as doenças transmissíveis pelas moscas estão: a febre tifóide, diarréias infantis, carbúnculo, cólera, ascaridíase, coccidioses, poliomielite, além de outras enfermidades de importância veterinária como lesões gástricas e cutâneas em equinos. Algumas espécies de moscas podem causar miíase, que é a infecção de vertebrados vivos por larvas de moscas que, pelo menos parte de seu ciclo evolutivo, se alimentam e se desenvolvem em tecidos vivos ou mortos de animais e até do homem.

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